中药指纹图谱按应用对象分类，根据中药指纹图谱可用于中药制剂研究、生过程的各个阶段，可分为中药材(原料药材)指纹图谱、中药原料药(包括饮片配伍颗粒)指纹图谱和中药制剂指纹图谱。如分得更细，还可包括用于工艺过程中间产物的指纹图谱。两种中药原料药指纹图谱应区别对待。对中药竹指纹图谱的要求基本和中药材指纹图谱相同。对中药配伍颗粒(包括标准提.指纹图谱应要求高一点。

随着现代科技技术的发展而发展，中药指纹图谱研究所采用的方法大致分为:

色谱法:薄层色谱法 (TLC) 、液相色谱法 (LC) 、气相色谱法 (GC) 、高效毛细管电泳法 (CE) ;

光谱法:紫外光谱法(UV) 、红外光谱法 (IR) 、近红外光谱法 (NIR) : 核磁共振法 (MR) 等。

色谱联用技术:将色谱良好的分离能力与光谱或波谱特有的结构鉴别能力相结合并借助近年来发展起来的化学计量学技术和己有的光谱波谱标准库，是完全可能对大部分中药的化学成分进行定性和相对定量分析的。目前色谱光谱联用技术如:GC-MS 、HPLC-MS已经在中药指纹指纹图谱研究领域内获得了一定的成功。